01 - Den Backofen auf 375°F (190°C) vorheizen und eine mittelgroße Ofenform einfetten.
02 - In einer großen Schüssel Mehl, Salz und Muskatnuss vermengen. Eier und Milch dazugeben und verrühren, bis ein glatter, dicker Teig entsteht.
03 - Einen großen Topf mit gesalzenem Wasser zum Kochen bringen. Den Teig portionsweise mit einem Spaetzle-Hobel, einer groben Reibe oder einem Sieb in das kochende Wasser drücken.
04 - Spaetzle etwa 2–3 Minuten kochen, bis sie nach oben steigen. Mit einem Schaumlöffel herausnehmen und in ein Sieb geben, damit sie abtropfen.
05 - Butter in einer großen Pfanne bei mittlerer Hitze schmelzen. Die Zwiebeln hineingeben und unter häufigem Rühren goldbraun und knusprig braten (ca. 15–20 Minuten). Zur Seite stellen.
06 - Die gut abgetropften Spaetzle in einer großen Schüssel vorsichtig mit Emmentaler und Gruyère vermengen. Mit frisch gemahlenem schwarzen Pfeffer abschmecken.
07 - Die Hälfte der Käse-Spaetzle in die vorbereitete Form geben. Mit der Hälfte der gebratenen Zwiebeln bedecken. Den Vorgang mit den restlichen Spaetzle und Zwiebeln wiederholen.
08 - Die Form 15–20 Minuten backen, bis der Käse blubbert und die Oberfläche goldbraun ist.
09 - Nach Belieben mit gehacktem Schnittlauch oder Petersilie garnieren und heiß servieren.